《水生态学杂志》（《Journal of Hydroecology》）创办于1981年，原名《水利渔业》，是由水利部主管、水利部中国科学院水工程生态研究所主办、科学出版社出版的综合性学术期刊，主要报道与天然和人工水体生态系统及其生态过程相关的各学科的原创性研究成果，特别关注水工程设施建设生态学效应及其对策和措施的理论与应用技术研究，是水域生物多样性、水资源、水环境和水生态保护领域的学术论坛。
《水生态学杂志》系中国科学引文数据库(CSCD)源刊、中文核心期刊、中国科技核心期刊，国内外公开发行。是《中国学术期刊（光盘版）》、科技部科技信息中心科技统计数据库、中国学术期刊综合评价数据库入选期刊，被中国期刊网全文收录。本刊主要发表研究论文、研究简报和技术报告，也邀请知名专家就某一领域的最新进展发表专题综述。
为了以规范的网络期刊出版方式更快更好地确立作者的科研成果首发权，全面提高学术论文的传播效率和利用价值，本刊现已与《中国学术期刊（光盘版）》电子杂志社有限公司（简称电子杂志社）签署《CAJ-N网络首发学术期刊合作出版协议》，通过《中国学术期刊（网络版）》（CAJ-N）正式出版我刊网络版。从2017年11月5日起，凡经本刊审定录用的稿件（简称“录用定稿”，指已采用但未经编辑校对的稿件）可首先在本刊网络版上首发，并与印刷版具有同等作用。我刊网络版文章可在中国知网查询。
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来稿一经审定录用，将收取版面费。稿件刊登后酌付稿酬。
《水生态学杂志》论文写作要求
1 总体要求
（1）论文应符合科技论文格式，论点明确，论述充分，数据资料可靠，文字简炼。摘要、关键词、中图分类号、第1作者简介、通讯作者（如有）简介、基金项目（如有）等项齐全。每篇文章一般不低于8000字（包括图表和参考文献等）。
（2）计量单位的使用、书写必须符合国家标准。
（3）图表只附必要的，图中文字、符号要标注清楚，图版照片要求清晰、层次分明。文中图须附Excel 数据文件（含图和表）。
（4）本刊对来稿实行3审制。经审查可以发表的稿件，本刊酌收版面费；稿件发表后向作者支付稿酬并赠送样刊。
(5)版权。文责自负，文稿涉及保密等方面问题，请作者自行征求有关方面的意见。 发表文章的著作权归作者所有，编辑版权属本刊所有，编辑部有权对来稿作适当修改。本刊发表的文章将制成电子版，并被国内外有关数据库转载，相关报酬已包含在稿酬中，作者如未作特殊声明则视为同意。
（6）请勿一稿多投。
2 题名
必须有中文和英文题名。中、英文题名应一致。
题名应适应学术交流和信息传递的需要，简明、具体、确切，概括文章的要旨。一般不用副标题。中文题名一般不超过20个汉字，英文题名一般不超过10个实词。
3 作者及其工作单位
中国作者应有汉语拼音。汉语拼音采用姓前名后，中间为空格。姓氏的全部字母均大写，复姓连写；名字的首字母大写，双名中间加连接线。姓氏与名字均不缩写。外国作者的姓名写法遵从国际惯例。
多位作者的署名之间用逗号“，”分隔。
作者工作单位用圆括号“（）”括起，内容包括：单位全称，所在省、市，邮政编码。单位全称与省市名之间以逗号“，”分隔，省名与市名间空1字。作者工作单位内容必须译成中文或英文。
不同单位的作者，应在姓名右上角加注不同的阿拉伯数字序号，并在其工作单位名称之前加相同的数字序号。
4 作者简介
来稿请附第一作者和通讯作者(如有)简介：姓名，出生年月，性别，籍贯，职务/职称，主要从事的工作或研究方向，电子信箱等。为便于联系， 最好告知常用电话号码。
5 摘要
必须有中文和英文摘要。摘要以第3人称语气写。
摘要是以提供文献内容梗概为目的，不加评论和补充解释，简明、确切地记述文献重要内容的短文。摘要的基本要素包括：研究目的、方法、结果和结论。摘要应具有独立性和自明性，并拥有与文献同等量的主要信息，即不阅读全文，就能获得必要的信息。
中文摘要400字左右，英文摘要约400个词。
6 关键词
必须有中文和英文关键词，3～8个。
中、英文关键词应一一对应。
7 中图分类号
采用《中国图书馆图书分类法》（第4版）进行分类，放在关键词下。一般标志1个分类号；多个主题的文章可标志2或3个分类号，主分类号排在首位，多个分类号之间以分号“；”分隔。
8 基金项目
获得基金资助产出的文章应标识基金项目名称并在圆括号内注明其项目编号。
基金项目名称应按照国家有关部门规定的正式名称填写；多项基金项目应依次列出，其间以分号“；”隔开。
9 正文
9.1 引言 介绍研究工作的目的、意义和背景，以及本项研究的主要任务。引言前不编序号。
9.2 材料与方法 供试材料应提供名称、数量、规格、来源、采集（制备）方法、状况。研究方法一般引用文献，如有改进则须说明，如系作者自己创新的方法则宜详述。
9.3 结果与分析 是论文的关键部分，包括给出结果并对结果进行定量或定性分析。
9.4 讨论 阐述实验结果的意义，说明研究结果与前人的是否一致，有无创新，指出本实验的不足之处，以及未能解决的问题。
9.5 志谢 志谢不是论文的必要组成部分。
志谢是对曾经给予本研究的选题、构思或论文撰写以指导或建议，对考察和实验作出某种贡献的人员，或给予过技术、资料、信息、物资或经费帮助的团体或个人致以谢意。一般对例行的劳务人员可不专门志谢。